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机器学习模型助力探寻新冠病毒新变种

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美国麻省理工学院-哈佛大学布罗德研究所以及美国马萨诸塞大学医学院的科学家开发了一种机器学习模型PyR0,可以分析来自新冠病毒样本的数百万个基因组,并预测哪些病毒变体将占主导地位并可能引发新的浪潮。研究结果524日发表于《科学》杂志。

研究人员使用截至20221月在流感数据共享全球倡议数据库中的600万个新冠病毒基因组训练了机器学习模型。PyR0模型可以在大约1小时内分析数百万个基因组。它将相似的序列组合在一起,并通过它们共享的突变群来定义基因组的“组别”。通过聚焦可能出现在多个变体中的突变,PyR0比仅关注病毒变体的模型具有更强大的统计能力。

该模型可以确定哪些突变将越来越普遍,并估计每种突变导致病毒传播的速度。它还可根据其基因组成估计不同变体的病例数量增加的速度。通过确定哪些突变对哪些变体的适应性很重要,该模型还提供了关于新冠病毒如何传播和发展的生物学观点。

信息来源:

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm1208#con13

http://www.news.cn/2022-05/29/c_1128694297.htm

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