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中国科学院发布同源基因数据库HGD

日期:2022-12-19

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   近期,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心正式发布同源基因数据库(Homologous Gene DatabaseHGD),并于111日在国际学术期刊《核酸研究》上发表。

HGD整合了国际上多个同源资源数据集,解决了当前同源资源库在同源关系和同源基因标识方面存在差异、同源推断方法多样以及部分数据库同源基因鉴定结果不一致带来的困扰,为用户提供了一个综合、全面、简单、直观的同源基因数据集。HGD提供物种间比较的同源基因功能注释图谱,包括基因功能数据(GO)以及性状、变异、表达相关的多组学注释数据,为跨物种同源基因功能比较研究提供统一面板。

目前,HGD共收集了人、常见动植物以及微生物共37个物种,其中包括10种重要模式生物。数据库共收录112383644个同源对,其中16909个同源基因关联表型数据,276670个同源基因关联变异数据,398573个同源基因关联表达数据,536852个同源基因关联GO数据,用户可以通过物种名、基因ID、基因功能、蛋白ID、蛋白名以及相关注释等多种条件进行数据检索和筛选。

HGD实现了国家基因组科学数据中心基因组变异图(GVM)、基因表达星云(GEN)和GWAS图集多个数据资源库的信息关联与集成,切实发挥并体现了NGDC资源聚集的效果和优势,同时也弥补了我国在重要生物信息资源建设方面的空缺。

信息来源:

https://ngdc.cncb.ac.cn/news/159

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