技术前沿与科研应用

美研究人员分别利用扩散模型设计全新蛋白质结构

日期:2023-01-18

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 121日,美国初创公司生成生物医学(Generate Biomedicines)和华盛顿大学生物学家大卫 贝克的课题组分别宣布了各自的新型蛋白质生成项目成果——这两家实验室的项目均使用了扩散模型,以设计出更高精准度的全新蛋白质结构。

Generate Biomedicines公布的项目名为“Chroma”,该公司将此项目描述为“生物学的DALL-E 2”,为了展示Chroma能够按照研究者的要求生成蛋白结构,该公司研发团队通过Chroma平台生成了模拟26个英文字母和10个阿拉伯数字形态的全新蛋白结构。

大卫 贝克的课题组的项目名为RoseTTAFold扩散”,RoseTTAFold扩散可设计大型和复杂的蛋白,并可相互结合形成多聚体的蛋白单体——这些蛋白质通常对治疗疾病至关重要。

两个团队所使用的扩散模型算法是一种神经网络,通过训练,扩散模型算法可以清除输入数据中的噪音。研究人员可以根据靶点的结构,让AI算法不断地除噪运算,把原先无序、混乱的氨基酸残基拼接成能够和靶点结合的候选蛋白。

信息来源:

https://www.technologyreview.com/2022/12/01/1064023/biotech-labs-are-using-ai-inspired-by-dall-e-to-invent-new-drugs/

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