数据与创新

中美研究人员开发SODB数据库助力空间组学研究

日期:2023-04-23

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   美国德州大学与腾讯AI实验室的研究人员联合开发了SODB数据库,目前其数据量覆盖5000多万个细胞,来自26种不同的技术,并且这些数据均被统一地处理成标准格式,能让研究人员告别重复劳动的局面。该项研究成果给空间组学研究搭建了“基础设施”,有助于生物学家们更好地验证新的生物猜想,发现新的病理现象,降低因技术特性带来的偏见和错误性发现。相关研究成果于20232月16日发布在《自然 方法》上。

SODB数据库中,借助SOView交互式算法,可直接“看到”空间组学数据背后的组织全貌,以便科研人员快速获取符合研究需求的数据。SODB还能将不同的空间数据集合在一起,让科研人员可按需进行快速搜索、定位和下载多模态数据,以便充分利用已发布的数据,避免在实验上重复“造轮子”。

作为一种新工具,SODB可帮助研究人员深入分析细胞类型和空间关系,借此挖掘潜在的药物靶点和机制,加速药物研发的进程。同时,SODB还能帮助医生深入挖掘患者体内的细胞类型和空间关系,借此发现潜在的诊断标志物和治疗靶点,以便更准确地判定癌症类型和分级,从而为临床医学提供更精准的诊疗。此外,SODB数据库还有助于促进数据的可用性,刺激整合空间数据的计算方法的发展,助力具有通用坐标框架的大规模空间图谱的建设。

信息来源:

https://www.nature.com/articles/s41592-023-01773-7

https://mp.weixin.qq.com/s/mxvv3GlehXJomhSfS-DGOg

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